Nacido en el oeste de Alemania, Thomas Helmer empezó jugando en la bundesliga cón el Arminia Bielefeld, excelente cón un buen manejo del balón, comenzó su carrera jugando de libero, posterioermente jugaría tanto de central izquierdo como de lateral. En 1992 fichó por el Borussia Dortmund cón el que conquistaría en 1995 el título de la ensaladera (popularmente se conoce por su forma al trofeo de campeón de Alemania). Tras terminar la temporada fichó por el Bayern Munich cón el que ganó la copa de la uefa en su primer año, alzó también el título de campeón de la Eurocopa cón la selección alemana en Wembley. Un año más tarde los bávaros ganarón tres años después el campeonato aleman. Thomas aún ganaría dos títulos más de liga en las temporadas 98/99 y 99/2000.
