
Tras conquistar los títulos apertura en 1998 y clausura en 1999, en 2000 llega el gran año de Boca. Se proclama campeón de la copa libertadores tras eliminar a River Plate en cuartos de final, remontandoi el resultado adverso de 1 a o, en la Bombonera Boca golea a River Plate con goles del Chelo Delgado, Riquelme y Palermo. Después tras derrotar al America de México en semifinales, en la final derrota al Palmeiras brasileño tras empatar a dos en Buenos Aires y a cero en Sao Paulo, los argentinos ganan por 2 a 4 en los penaltis. Además se conquista el torneo apertura y posteriormente en diciembre derrota al Real Madrid en Tokyo en la final de la copa Intercontinental. La formación en la copa intercontinental del 2000 fue: Mondragón; Ibarra, Bermudez, Traverso, Matellán; Battaglia, Serna, Bassualdo; Riquelme; Delgado, Palermo.
En 2001 repitió título de copa libertadores y en 2003 llegó el otro gran año de la história de Boca, ganando como hizo en 2000 el triplete, cón la copa libertadores, copa intercontinental y el torneo apertura. En la final de la copa libertadores los argentinos se impusieron al Santos por 2 a 0 con dos goles de Marcelo Delgado y en la vuelta en Brasil por 1 a 3 con goles de Tevez, Delgado y Schiavi. El equipo base de 2003 fue el formado por Abbondanzieri; Ibarra, Schiavi, Burdisso, Clemente Rodríguez; Cascini, Battaglia, Cagna, Delgado; Schelotto, Tevez.
En los años 2005 y 2006 Boca Juniors se proclamao campeón de los torneos Apertura y Clausura respectivamente y ganaría ambos años la Recopa sudamericana. En 2007 el equipo se proclama campeón de su sexta copa libertadores tras derrotar al Gremio de Porto Alegre en la final, en la ida en Buenos Aires con un sensacional encuentro Palacio, Riquelme y un defensor brasileño en própia meta ponian el 3 a 0 en el marcador. En la vuelta disputada en Brasil dos goles de Riquelme sentencian el título en favor de Boca. La alineación habitual durante 2007 fue la formada por Caranta; Ibarra, 'Cata' Díaz, Morel Rodríguez, Clemente Rodríguez; Banega, Ledesma. Cardozo; Riquelme; Palacio, Palermo.