Excelente medio de contención cón gran critério del balón, gran conocedor de la distribución del juego, muy bueno en el marcaje al contario. Flavio empezó jugando en el Río Branco de Río de Janeiro dónde estubo una temporada antes de fichar por el Palmeiras. Cón el club paulista ganó el campeonato brasileiro en 1993 y 1994 y los campeonatos paulistas de 1994 y 1996.
En verano de 1996 fichaba por el Deportivo de la Coruña equipo en el que sigue demostrando sus cualidades así como en la 'seleçao' cón la que gana la copa américa en 1997 y 1999, así como la copa confederaciones también en 1997. En el club gallego ganó la liga la temporada 1999-00 formando un gran tándem cón Mauro Silva en el centro del campo. En verano de 2000 fichaba por el Real Madrid al igual que Claude Makelele para formar otro tándem espectacular en el centro del campo esta vez en el Real Madrid. El primer año en Madrid consigue la liga, a nivel personal sería su segunda liga española consecutiva. La temporada 2001-02 vence la supercopa de España y la Champions League y la temporada 2002-03 conquista la liga española por tercera vez en su palmarés, la supercopa de Europa y la copa Intercontinental.
En 2003 se marcha cedido al Borussia Dortmund tras la llega de David Beckham al Real Madrid viendo que no iba a tener tantos minutos, tras volver de la cesión al Dortmund es traspasado en verano de 2004 al Galatasaray cón el que gana la copa turca. Un año más tarde decide aceptar una oferta del Panathinaikhòs cón el que acaba rompiendo contrato de mutúo acuerdo.
